造成流產的原因複雜而多歧，夫妻兩人都可能是原因之一。目前醫學上導致反覆流產的原因，概略可分為下列幾種：

基因缺陷
根據一項研究指出，基因缺陷占早期流產的75％。此項主要是指夫妻雙方或一方帶有染色體缺陷，而造成卵子分裂或精卵結合時，所產生的不正常胚胎，因而造成流產。

子宮結構異常
這包括先天性雙子宮、弓狀子宮、中隔子宮或子宮頸無力等等。或是後天性子宮頸無力、子宮內膜黏連、子宮肌瘤、子宮腺肌瘤等等。

免疫機能異常
常見的二種疾病，紅斑性狼瘡（SLE）及抗磷脂膜抗體症候群（antiphospholipid syndrome）。其常造成懷孕中期及末期的流產。但對於早期流產的比率，則與一般人差不多。

內分泌異常
包括甲狀腺疾病、糖尿病、多囊性卵巢及泌乳激素過或高黃體功能不足。臨床上抽血檢查荷爾蒙即可診斷出來。

發炎感染
身體虛弱、狀況不良，若有濾過性病毒、細菌、原蟲類、寄生蟲或黴菌感染，則懷孕後亦容易導致流產。

環境因素
常見的抽煙、喝酒及過量的咖啡。目前對於抽煙所造成的流產，大部份為染色體正常的胎兒，但兩者之間的關係仍未明確，喝酒則需一天小於2杯，咖啡則最好不要超過5杯。環境毒素方面如曝露於重金屬（例如：汞，銀）及麻醉氣體。

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