孕初期時，由於母體內會大量增加人類絨毛膜性腺激素，這種激素具有類似甲狀腺刺激素的作用，在正常的孕婦，可能會有暫時的妊娠性甲狀腺毒症，特別是害喜嚴重的孕婦；本來就有甲狀腺亢進的孕婦這時症狀有可能會加重，還好在懷孕中期之後，人類絨毛膜性腺激素濃度會下降，甲狀腺功能也相對比較穩定。

若孕婦沒有治療甲狀腺亢進，會引起流產、早產；母親較易有高血壓，而且在遇到感染、陣痛、手術時，可能會有併發甲狀腺風暴，造成心臟衰竭，這時會有很高的死亡率。由於甲狀腺功能亢進的病因大多是自體的抗體攻擊甲狀腺，這些抗體會穿過胎盤，影響胎兒造成心跳過快、生長遲滯、胎兒水腫，甚至胎死腹中。

若是懷孕時甲狀腺亢進並且沒有接受治療，胎兒出生後由於身上有殘留母體的抗體，可能會有甲狀腺亢進的症狀；相反的，孕婦有長期服用抗甲狀腺藥物治療，新生兒出生後可能會甲狀腺功能低下的現象。不過因為這些現象都是暫時性，一般不太需要治療。

再來就是甲狀腺功能低下，由於甲狀腺功能低下比功能亢進更易造成排卵異常，所以不孕的機率較高，病患通常會在不孕的治療時便會以藥物控制，所以懷孕過程發生的併發症較少。但是如果懷孕後沒有控制，不但造成流產、早產，胎盤剝離的機率提高，胎兒會因而生長遲緩或死胎。還有胎兒在懷孕初期所需的甲狀腺是依賴母體供應，此時剛好在神經系統發育，母親甲狀腺不足會造成影響胎兒智能或神經運動的功能。另外這些新生兒有0.025%的機會有先天性功能低下。所以孕婦一發現有甲狀腺功能偏低，應立即接受到足量的甲狀腺素治療。

有甲狀腺功能異常的女性，要降低懷孕和胎兒併發症狀的最好方法，就是懷孕前將甲狀腺機能控制正常。除了在懷孕過程中要按時服藥，定期接受追蹤甲狀腺功能，小朋友出生後，也應做甲狀腺功能方面的檢查。
 

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