無痛分娩與任何其他手術一樣，也有其缺點。

由於注射完麻醉針後，腹部的肌肉會失去知覺，在生產時母親不能夠用氣力推動嬰兒出世，所以生產時間可能比較長，亦有可能借用產鉗或吸盆幫助嬰兒出生。

麻醉藥會令下半身的血管放鬆，令血壓下降，有機會引致休克現象。手術後，通常膀胱的肌肉是暫時不可以回復正常，所以產婦有機會有幾天不能小解。

如果注射麻醉針時有錯誤，亦有可能令孕婦完全失去知覺。 亦有一種非常少有的情況，是脊髓液從針窿漏出少許，就會引致頭痛，更嚴重受到感染，亦有可能引致腦膜炎。

右孕婦的背脊有皮膚病、駱背，血壓低或神經系統有問題，便不適宜使用無痛分娩了。
 

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