感覺統合障礙的問題由於腦神經系統在處理不同感覺刺激時出現困難所導致。但現時大多數個案都是找不到成因，而有機會與以下情況有關：

- 先天性或遺傳
- 懷孕時所發生的情況，如懷孕時母親曾接觸或進食某些有害物質、化學物質或藥物，妊娠水腫或胎位不正等；
- 出生時或之後的問題或意外，例如臍帶纏頸而引致腦部缺氧、嬰幼兒期疾病（尤其神經系統感染性疾病）；
- 嬰幼兒期時缺乏感官刺激或感官肌能經驗；
- 體重低的早產嬰兒；

此外，父母或保母可能因為怕孩子危險而限制他們的活動，並且減少帶孩子外出活動的機會，再加上有些托兒所活動空間太小或是課程內容／教具器材不適性，都造成兒童少與外界接觸使得感覺統合發展受限，這些皆會影響學齡前兒童的感覺統合發展，讓孩子無法從自我嘗試中獲得學習和練習的機會，容易造成依賴的心理。

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