腸胃功能問題：

小兒疾病中，有一種「先天性巨大結腸症」，主要是因體內的一段腸子肌肉與黏膜層缺乏，或是沒有神經結，因而經常處於收縮狀態，以至於該段沒有可蠕動的腸子，因無法排出大便而造成嚴重便秘，這類便秘往往在嬰兒新生時期。如果確定為巨結腸症，就必須以手術切除有問題的一段腸子。

飲食不當：
寶寶吃的食物偏重高蛋白，而缺乏碳水化合物及纖維，若是加上水分攝取不足，低殘渣的食物或飲食量太少，都可能造成便秘。

感染疾病或發燒：
發燒造成排汗過量，數天後所排的大便較硬。

使用瀉藥：
如果父母誤以為小孩便秘，就使用瀉藥，腸道來不及填滿就已經空了，導致正常的反射動作慢慢消失；除非醫生指示，否則不要給孩子使用瀉藥，記住時間一到，腸道自然會把糞便清除乾淨。

心理因素：
有些家長對小朋友的排便習慣，太過強調，造成孩子的反抗心理（像是反抗期），或是幼兒本身對廁所或上廁所這件事排斥，都有可能造成孩子便秘。

環境因素
較大孩子，可能會因學習環境的廁所有氣味而影響其上廁所的意願。此外，廁所設計不良，也可能會使孩子不願意上廁所而造成便秘。

訓練不良：
有的孩子因為貪玩，沒有在有便意的時候解大便，使得大便變硬，這時如果因為硬便使排便不適而忍住大便，將使得大便更乾硬，容易將肛門口的黏膜撐裂，每次排便都會疼痛，孩子就更不願意解大便了。如此惡性循環，便秘的情形會更加嚴重。

因此建立時間觀念是很重要的。小朋友天生對時間是沒有概念的，要孩子懂得妥善地分配自己的時間，甚麼時候該做甚麼，是需要家長從小訓練培養的。因此，當孩子還是幼兒的時候，家長就應該教導他們認識何謂時間，讓他們對吃飯時間先有一個概念，並嚴格限制該吃飯的時候，手邊的事情或是玩耍都要停下來。

遺傳問題：
爸爸媽媽如果容易便秘，寶寶也會有遺傳便秘的傾向。

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